HIJP est soutenu par un accord conclu en 2015 entre les cantons et certains services fédéraux. L’organisme responsable décide de l’orientation stratégique de HIJP et assure son financement. Celui-ci est assuré à 80 % par les cantons et à 20 % par les services fédéraux.
D’un point de vue organisationnel, HIJP fait partie de la Conférence des directrices et directeurs des départements cantonaux de justice et police (CCDJP) dont le siège est à Berne. La CCDJP coordonne et représente tous les intérêts des cantons en ce qui concerne la transformation numérique dans le domaine de la justice pénale.