HIS wird durch eine im 2015 getroffene Vereinbarung zwischen den Kantonen und einigen Bundesstellen getragen. Die Trägerschaft entscheidet über die strategische Ausrichtung von HIS und stellt die Finanzierung sicher. Sie erfolgt zu 80 Prozent durch die Kantone und zu 20 Prozent durch die Bundesstellen.
HIS gehört organisatorisch gesehen der Konferenz der Kantonalen Justiz- und Polizeidirektorinnen und -direktoren (KKJPD) mit Sitz in Bern an. Die KKJPD koordiniert und vertritt sämtliche Interessen der Kantone in Bezug auf die digitale Transformation in der Strafjustiz.